大企业之所以谓之“大”，组织架构庞大是一个主要原因。由于大量分支机构的存在，而且层级很多，很难用一个“复杂”来形容大企业税收管理的难度。在税务机关对大企业税收管理方式进行全面改进的过程中，如何同时兼顾集团公司总部与下属分支机构，尤其是扫除大企业分支机构的税收监管“盲区”，无疑是摆在各级税务机关面前
        一个大企业集团的主要业务经营是由其下属的分公司或者子公司完成的，一些涉税数据，如汇算清缴的相关数据，都是由二级、三级、四级分支机构逐级上报给集团总部的。根据目前法人所得税制的规定，一个大企业集团的税收管理权限多集中在总部所在地区的税务机关。但是，集团公司的分支机构由于分散在全国各省市，集团公司总部所在地税务机关对大企业全部的经营业务很难全面了解。而各省市税务机关虽然了解大型企业集团分支机构的实际经营及核算情况，却没有管理权限而无法实施有效监管。这就是税务机关在大企业税收管理中普遍存在的“管得着的看不见，看得见的管不着”现象。换句话说，大企业分支机构才是税收风险点最集中的地方，而在当前的税收监管模式下，恰恰对分支机构的税收监管力度不够，存有监管“盲区”。
笔者认为，大企业分支机构的税收监管“盲区”不扫除，税务机关对大企业税收的管理就很难真正落实到位。对于大型企业总部所在地税务机关而言，由于所辖大企业数量众多，而且每个大型企业的规模都很庞大，涉税问题很复杂，加之税收管理资源有限，如果既要管理大型企业总部，又要监管大型企业各地分支机构，实在力不从心，既容易造成税收的流失，也容易使大型企业产生税务风险。因此，笔者建议国家税务总局尽快出台大型企业税收管理办法，确保大型企业集团总部和分支机构所在地税务机关能够通力合作，形成“齐抓共管”的局面，不断提升大企业税收管理的水平，堵塞征管漏洞，降低管理成本，帮助大企业规避税收风险，最终实现税企双赢的目标。
        一方面，税务机关应该建立强大而便捷的数据采集系统，有效降低税收征管成本。为此，税务机关可以开发出有效的数据采集、汇总和信息交换系统，便于各地各级税务机关分析和掌握大企业集团总部及各级分支机构的动态。建议由国家税务总局或者大企业总部所在地的省局负责，由各地基层税务机关根据辖区内大企业分支机构的具体情况，提出数据采集需求，对这些需求进行系统整理后，聘请专门的软件开发工程师，在大企业总部及分支机构财务人员和税收管理员的共同参与下，研究一套适合大企业集团化管理的数据采集系统，按月或者按季度、半年、年度，将每户大企业总部和分支机构的基础情况、经营指标、财务数据等信息采集并实现全国联网，各地税务机关可以即时查询。这会带来很多好处：一是可以减轻大企业负担，减少重复提供数据的情况；二是可以降低基层税务机关税收管理员的管理成本，避免不同地区税务机关获取大企业数据手段不统一，口径有差异等情况；三是便于各地税务机关在开展纳税评估、税收分析等业务时还可以便捷地从系统中提取数据，实现对大企业各层级相关情况的协同管理、时时监控。
        另一方面，应加强对新《企业所得税法》实施后总机构汇总方式及管理问题加以研究，针对企业所得税税前扣除项目管理的复杂性，明确分支机构所属税务机关对所在地分支机构税基、税前扣除项目的真实性、准确性进行核查管理。同时，还应加强汇总纳税政策在各地执行情况的监督管理，逐步将跨地区管理、合作、调研工作制度化。因此，建议大企业总部所在地税务机关能够在做好日常工作的基础上，抽调业务骨干，联合分支机构所在地基层税务机关，发起专项政策调研，深入了解同一税收政策因地区差异而存在执行口径不同的现实状况，并研究提出解决方案，加强政策执行情况的调研和反馈，促进税收政策完善，以提高政策管理水平，降低执法风险。
        同时，调动各地税务机关税收监管的积极性，确保税款应收尽收。虽然按照法人所得税制的要求，总分型的大企业必须汇总纳税，但是，在具体的税收管理中，是否可以考虑赋予大企业分支机构所在地税务机关适当的检查权，并规定其查补的税款在属地入库？这样，大企业分支机构所在地税务机关才有监管的积极性，才会想方设法“堵漏增收”。在此基础上，还应该规定大企业分支机构所在地税务机关，发现异常情况后要及时与上级税务机关和大企业总部所在地税务机关沟通，防止税款“跑冒滴漏”。